因为全血细胞减少，引起全血细胞减少的疾病是很多的。我们常见的要鉴别的，第一个就是MDS，也叫骨髓增生异常综合征，它在外周血往往是表现全血细胞减少，但是它的骨髓特点就不一样了，和再障完全不同。因为MDS的骨髓特点是有病态造血的，同时有时候可以看到原始和幼稚细胞，这在再障里边是绝对不会有的。
还有引起全细胞减少的疾病就是PNH，这血液系统常见的病，叫真发性睡眠性血红蛋白尿，这个是血液系统的溶血性疾病。它虽然表现全血细胞减少，但实质上它是骨髓增殖性的贫血，在骨髓里边是增生的。同时它有特异的实验室检查，就是要查PNH克隆，用流式细胞仪可以检测。再有一些间接指标，因为它是溶血，那么它的胆红素往往是增加的，这在再障里面这应该也不会有的。
那么还有就是全血细胞减少疾病就是急性造血功能停滞，因为它是有病因引起的，一般是有感染、病毒或细菌，急性感染造成的急性造血功能停滞。但是这种病，因为随着本病的控制，它是有自限性的，它是使自己是可以恢复的。再障不给特殊的治疗，那是绝对不会恢复的。
再有一个鉴别的就是骨髓纤维化，虽然表现全血细胞减少，那么它的骨髓特点一个是干抽，还有就是骨髓里边也有可能会见到原始幼稚细胞。那么通过骨髓活检，它有一个特殊的染色，也叫网状纤维染色，它是增高的，这个再障里边是没有的。它因为有髓外造血的一些表现，那可能有肝脾肿大，再障病人也不会有的。
再一个要鉴别就是免疫性的一些血细胞减少，那么这种免疫性肯定是有一些免疫系统的基础疾病在里边。另外就是我们通过实验室的检查，免疫指标可能会有些异常，这也是容易鉴别。还需要鉴别的是血液系统的一些恶性病，像白血病、淋巴瘤、骨髓瘤，这些也可能会有全血细胞减少。但是这些病都是自己的特点，这个在血液病方面，这些血液科医生做鉴别，应该都是很容易做鉴别的。
